Ekstrakurikuler adalah kegiatan non-pelajaran formal yang dilakukan peserta didik sekolah atau universitas, umumnya di luar jam belajar kurikulum standar.
Fungsi kegiatan ekstrakurikuler adalah untuk mengembangkan kemampuan potensi dan rasa tanggung jawab memberikan kesempatan kepada peserta didik untuk memperluas pengalaman sosial dalam kesiapan karir peserta didik melalui pengembangan kapasitas.
Berikut Beberapa Esktrakurikuler Siswa yang ada di SMP Negeri 2 Manokwari :
| NO. | NAMA EKSKUL | Guru Pembimbing |
| 1 | JURNALISTIK | |
| 2 | MENULIS KREATIF | |
| 3 | PASKIBRA |
1. Bpk. ROYN WATTIMENA 2. Bpk. MUSTAMIN PUTRA WENNO |
| 4 | PMR | |
| 5 | PRAMUKA | |
| 6 | SANGGAR SENI | |
| 7 | PENCAK SILAT |
1. ROBINSON ELLO 2. DADANG A. MOCH. HASAN |
| 8 | BOLA VOLI |